Entre 2005, cuando se reabrió el proceso de justicia, y 2024 se realizaron 356 juicios penales. Los vuelos de la muerte fueron materia de algunos de ellos: la Megacausa ESMA, un tramo del juicio sobre Campo de Mayo y tres de los juicios que abarcaron al circuito “El Atlético-El Banco-El Olimpo” (circuito ABO). Actualmente, está en curso un proceso que por primera vez juzgará a un exjuez federal y a funcionarios policiales por sus intervenciones en la gestión de los cadáveres que eran hallados en las playas y que abarca las indagaciones iniciadas por Nora Cortiñas a fines de 1978.

La reapertura del proceso judicial fue acompañada por instancias dentro del Poder Ejecutivo Nacional conformadas por funcionarios civiles que buscaban documentación dentro de las Fuerzas Armadas y de seguridad que pudiera ser de utilidad para las investigaciones. El análisis de legajos de personal, reglamentos, sumarios disciplinarios o actuaciones de salud, entre otros, permitió aportar pruebas documentales que fueron útiles para corroborar lo que habían testimoniado quienes sobrevivieron al dispositivo concentracionario y quienes habían decidido romper el silencio sobre su participación en el sistema. Estas iniciativas de relevamiento de archivos militares y policiales por parte de civiles fueron muy resistidos por las fuerzas. Sus reclamos fueron escuchados. Primero, durante la presidencia de Mauricio Macri, se eliminó el grupo que estaba abocado a las fuerzas dependientes del Ministerio de Seguridad. Luego, durante la gestión del presidente Javier Milei se disolvió el equipo que durante quince años se ocupó de buscar documentación de las Fuerzas Armadas. 

En 2017, Mario Arru y Alejandro D´agostino, exintegrantes de la Prefectura Naval Argentina (PNA), fueron condenados en la Megacausa ESMA. El primer paso que permitió determinar responsabilidades penales individuales dentro de un mecanismo de desaparición complejo lo dio una sobreviviente de ese centro clandestino, la periodista Miriam Lewin quien, junto con el fotógrafo Giancarlo Ceraudo, localizó uno de los aviones Skyvan (el PA-51) que se habían utilizado. Al encontrarlo, en 2009 en Estados Unidos, fue posible acceder a la documentación de la aeronave y sus planillas de vuelo que fueron aportadas a la causa judicial. Más adelante, la PNA aportó un gran volumen de planillas.

El análisis individualizó un vuelo asentado el 14 de diciembre de 1977, fecha que coincidía con el traslado del grupo de doce personas relacionado con la Iglesia de la Santa Cruz, del cual cinco habían sido encontradas e identificadas. En el registro estaban asentados los nombres del personal involucrado. En este caso, la enorme cantidad de testimonios y la identificación de las mujeres condujeron a que la justicia considerara probado que en la ESMA se utilizaron los vuelos como método de desaparición y los vestigios documentales permitieron la identificación de responsables penales. El juicio también reconstruyó la estructura interna que la Armada Argentina utilizó para implementar la práctica de los vuelos, y el lugar que ocupó la PNA, a la que pertenecían los aviones Skyvan y los pilotos.

Durante el juicio oral declararon, entre otras personas, un aviador de la prefectura naval y María Laura Guembe, integrante de los equipos de trabajo que relevaban documentación dentro de las Fuerzas Armadas y de seguridad. Ambos testimonios aportaron elementos que permitían comprender la cantidad de ámbitos institucionales que debieron intervenir en los vuelos, la logística que estaba involucrada. Los testimonios dieron cuenta de que cada vuelo requirió la elaboración de un «plan de vuelo», que fue notificado a las instancias de control del tránsito de aéreo, que había suplementos a los salarios por volar. También se refirieron al rol de las áreas de operaciones de la Armada en la puesta a disposición de las aeronaves. Y se describió el funcionamiento específico de los aviones Skyvan: su capacidad (entre 12 y 19 personas, según la cantidad de combustible cargado y de tripulantes), el procedimiento para abrir el portón trasero en vuelo y los mecanismos de seguridad que debían utilizar los tripulantes para no caer al vacío si se abría la puerta.

En 2022, concluyó el tramo del juicio sobre lo ocurrido en Campo de Mayo focalizado en los vuelos que despegaron de la pista del Batallón de Aviación 601. Santiago Omar Riveros, Luis del Valle Arce, Delsis Ángel Malacalza y Eduardo José Lance fueron condenados por sus responsabilidades en el caso de cuatro personas: Adrián Enrique Accrescimbeni, Juan Carlos Rosace y Rosa Eugenia Novillo Corvalán, quienes aparecieron en las playas de la provincia de Buenos Aires el 6 de diciembre de 1976, y Roberto Ramón Arancibia, aparecido el 18 de diciembre de 1978. El proceso judicial incluyó un gran volumen de prueba testimonial –gran cantidad de testimonios de sobrevivientes, exconscriptos, integrantes del aparato represivo y otras personas que trabajaron en el lugar habían informado sobre el uso de aeronaves en Campo de Mayo– y dio por probado que los vuelos se realizaban tanto con aviones como con helicópteros para trasladar a personas vivas y muertas.

El circuito ABO tuvo cinco juicios orales, en tres se analizó en menor o mayor medida la mecánica de los traslados y el aporte de los imputados en los homicidios. En los tres procesos se acumularon testimonios de los sobrevivientes, documentación sobre el hallazgo de cadáveres y el testimonio de un exchofer. Así, se probó que el 6 de diciembre de 1978 aproximadamente veinticinco personas fueron sacadas de El Olimpo. Entre el 16 y el 20 de diciembre, algunas de ellas aparecieron muertas en la costa atlántica. Las personas sometidas a estos juicios eran las que habían cumplido funciones en los centros, ninguno pertenecía a la estructura de aviación. Por lo tanto, los tribunales en cada una de las sentencias analizaron si podían condenar a los imputados por la ejecución de las víctimas a través de los vuelos. En el primero de los juicios solo se discutieron los hechos que afectaron a algunas de las víctimas del traslado del 6 de diciembre y se condenó a los imputados por la participación en los actos preparatorios de los homicidios sin analizar en detalle el procedimiento. En el juicio ABO III el tribunal dedicó mayor atención al mecanismo de los traslados y, en particular, al de ese día y señaló que 

queda demostrado que la ejecución final de los prisioneros requería preliminarmente, como protocolo del plan criminal, adormecerlos con drogas para facilitar su eliminación de acuerdo con el plan concreto de los ejecutores. […]
[N]o hay equívocos en cuanto a la significación de los traslados, el nombre que los ejecutores de la empresa criminal le asignaban a lo que más tarde se conoció como “vuelos de la muerte”. Se trataba de un mecanismo de disposición final para eliminar a las víctimas. El cúmulo de pruebas que se han acopiado en este juicio respecto del traslado del 6 de diciembre de 1978 elimina toda duda sobre su constitución como método de eliminación de las víctimas. 

Sobre la posibilidad de condenar a los que cumplían funciones dentro del centro como ejecutores señaló

se advierte que los hechos traídos a juicio bajo la valoración de homicidio calificado, no formaban parte de las rutinas propias de los centros clandestinos investigados, y su comisión tuvo lugar fuera del ámbito físico de los mismos (en los casos bajo estudio, asesinados a través de los llamados “vuelos de la muerte”, desde cuyos aviones se arrojaba a las víctimas al mar).

Por este motivo condenó a los juzgados como partícipes necesarios de los homicidios, incluidos a quienes estaba probado que fueron víctimas del traslado del 6 de diciembre pero sus cuerpos no habían aparecido. 

Luego de veinte años de reiniciado el proceso de justicia en Argentina y tres centenas de sentencias dictadas parecen hacerse evidentes sus límites y la perfección del sistema de desaparición. La participación directa en ciertas fases del sistema –la que va desde que las víctimas son sacadas del lugar donde fueron vistas hasta que aparecen como cadáveres– tiene asegurados mayores niveles de impunidad. Allí donde no hay testimonio, porque nadie vuelve de la muerte, hay impunidad. Hubo pocas excepciones: la condena a los pilotos del Skyvan por un vuelo y la de Scilingo en España, únicas personas condenadas por la ejecución de esta parte del plan criminal que implicó subir a personas a aviones para luego arrojarlas al mar. Las otras dos formas de atribuir responsabilidad fueron respecto a quienes tenían el poder para organizar el aparato (en el caso de Campo de Mayo) y a quienes realizaron actos preparatorios dentro del centro clandestino para los traslados masivos (en el caso del circuito ABO).